Užupio pakraštyje, ant Vilnelės šlaito, tarp Polocko ir Žvirgždyno gatvių, yra Bernardinų kapinės, kurios užima 3,87 ha. Kaip nurodo vieni šaltiniai Bernardinų kapinės yra seniausios Vilniuje, kiti šaltiniai teigia, jog tai antros pagal senumą kapinės. Tuo metu, kaip ir daugelyje Europos miestų kapinės buvo atidarytos už miesto ribų. Jos buvo įsteigtos 1810 m. ir iki pat šiol išsaugojo tą XIX a. dvasią.

1810 – 1812 m. buvo pastatyti kolumbariumai. Apie 1825 m. pradėta statyti koplyčia, jos požeminėse kriptose pradėta laidoti 1829 m. Kapinės buvo aptverto mūrine tvora su raudonų čerpių stogeliu, 1820 m. buvo pastatyti klasicizmo stiliaus vartai, dekoruoti kukliais piliastrais ir pasibaigiantys timpanais, kaustytais trimis kryžiais. Prie vartų stovi varpinė su trimis varpais.

XIX a. viduryje bernardinai norėjo praplėsi kapines ir miesto valdžia jiems paskyrė papildomą sklypą vakarinei kapinių daliai. XIX a. ši teritorija buvo mėgstama vilniečių pasivaikščiojimo vieta, kapinės priminė parką.

Po Antrojo pasaulinio karo kapinės buvo apleistos: nugriauti kolumbariumai, palaikai užkasti duobėse koplyčios kairėje pusėje. Nuo 1967 m. kapinėse beveik nebelaidojama.

Bernardinų kapinėse palaidoti tokie žymūs veikėjai, kaip Leonas Borovskis (Vilniaus universiteto retorikos ir poezijos profesorius), Juzefas Čechavičius (fotografas), Vytautas Kairiūkštis (dailininkas ir meno istorikas), Boleslovas ir Kanutas Ruseckai (dailininkai) ir dar daug kitų.

2005 m. kovo 10d. Lenkijos prezidentas Aleksandras Kvasnevskis ir Lietuvos prezidentas Valdas Adamkus Bernardinų kapinėse atidengė lentą su įrašu, kad jie įsipareigoja globoti kapinių restauraciją.

2007 m. Vilniaus Rotušėje įvyko konferencija "Bernardinų kapinių atgimimas". Ją organizavo Adomo Mickevičiaus Lietuvos ir Lenkijos santykių rėmimo fondas ir Lenkijos Respublikos Kovų ir Kančių Atminties Apsaugos taryba, remiant Kultūros paveldo departamentui prie LR Kultūros ministerijos, Vilniaus miesto savivaldybei, Lenkijos institutui Vilniuje bei M. K. Čiurlionio kultūros ir paveldo fondui.