Panerių miške 1940 m. rusų kariuomenė pradėjo įrenginėti degalų saugyklą. Tik prasidėjus Antrajam pasauliniam karui, 1941 m. liepos mėn., būtent šis miškas tapo masinių žudynių vieta. Čia atgulė dauguma Vilniaus žydų, lenkų inteligentai, rusų karo belaisviai, dvasininkai, pogrindžio kovotojai, taip pat ir lietuviai. Vėliau, 1943 – 1944 m. vokiečiai Aukštuosiuose Paneriuose vėl šaudė žmones – Baltarusijos žydus bei Vilniaus geto kalinius.

Kad būtų atminti šie skaudūs įvykiai, buvo įrengtas Panerių memorialas. Pirmasis paminklas šioje vietoje pastatytas 1948 m., bet 1952 m. nugriautas (manoma, kad dėl įrašo jidiš kalba) ir pastatytas naujas. Nuo 1960 m. Paneriuose atidarytas muziejus. 1985 m. įrengtas memorialas. 1989 – 1993 m. pastatyti dar keli paminklai tragedijai atminti.

Panerių muziejus – tai nedidelis pastatas Vilniaus priemiestyje, maždaug 16 km nuo Vilniaus centro. Tai vienintelis muziejus Lietuvoje fašizmo aukoms atminti, įrengtas žudynių vietoje. Muziejus apima laidojimo duobes, lavonų laidojmo aikšteles ir atminimo paminklus.

Muziejaus ekspozicijoje – aukų asmeniniai daiktai, nuotraukos, dokumentai, įrankiai darbui, apranga.